NU-AppsのメールをThunderbirdやOutlookなどのメールソフトを使って読むことはできますか？

出来ます。ただし、大学ではWebブラウザでの利用を推奨しています。

Googleのヘルプページに設定方法が掲載されています。下記にリンクを貼りますので、そちらをご覧ください。

・IMAP を使用して他のメール クライアントで Gmail をチェックする

・POP を使用して他のメール クライアントで Gmail のメールを読む

POPやIMAP対応のメールソフトであれば設定手順は同様です。